На начало 2019 года РПРАЭП объединяет 149 первичных (объединённых) и территориальных (городских) организаций профсоюза, выходящих непосредственно на Центральный Комитет (ЦК) профсоюза. Всего в указанных организациях состоят более 200 тысяч работающих членов профсоюза. На учёте в профсоюзных организациях состоят также около 67 тысяч неработающих пенсионеров и около 5 тысяч учащихся.

С 2001 г. между Министерством по атомной энергии (ныне госкорпорацией «Росатом»), Союзом работодателей и отраслевым профсоюзом заключаются Отраслевые соглашения. Контролирует их выполнение отраслевая комиссия, которая регулярно (с периодичностью 2-3 месяца) собирается и подводит итоги выполнения Отраслевого соглашения, обсуждает наиболее важные, актуальные социальные проблемы.

Профсоюз ведет активную международную деятельность. Он входит в качестве полноправного члена в три международных профобъединения, сотрудничает со многими другими международными профцентрами и организациями.